Réinstallation de Windows en ayant deux disques dur

Bonjour,
Après avoir soutiré des informations très utiles sur ce forum depuis des années, il m'est enfin venu le moment où une question ne trouve pas sa réponse, c'est pourquoi je me permet de vous la poser directement.

Actuellement, j'ai un Windows 7 Professionnel d'installé sur mon SSD (identifié C:\) mais ne voulant pas le saturer j'installe tous mes programmes sur un disque dur 2To (identifié D:\).
Je souhaiterai réinstaller une autre version de Windows sur mon SSD mais je me demande comment ça va se er pour tous les programmes installés sur mon D:\ ? Il me semble que certains programmes doivent écrire dans la base de registre de Windows qui pour le coup est sur le C:\ donc voici mon problème

Faudra t-il que je les réinstalle tous ?